Veliyyüddin Efendi’nin adıyla anılan bu mescid, Tekke içinde ibadet düzenini tamamlayan bağımsız bir mekândır.
Bu mescidin Tekke içindeki yeri, Osmanlı’da ilim ve ibadet hayatının aynı çevrede örgütlendiğini hatırlatır. Tekke yapılarında bazen tek bir ana ibadet mekânı bulunur, bazen de ihtiyaca göre ek bir mescid düzenlenir; burada da bu ikinci tipin izleri görülür. Mekânın ölçüsü ve düzeni, kalabalık akıştan çok belirli bir sükûneti hedefler. Ziyaret ederken, Tevhidhâne ile arasındaki farkı hissetmek mümkündür; biri daha “toplu buluşma” ağırlığı taşırken diğeri daha “düzenli ibadet” karakteri verir. Bu bölüm aynı zamanda tekkenin farklı dönemlerde aldığı eklemeleri anlamaya yardımcı olur. Mescidin varlığı, Tekke'nin yalnızca ziyaret edilen bir yer değil, uzun süre boyunca kullanılan bir yapı bütünü olduğunu da gösterir. İçeride kısa bir süre durmak, yerleşimin bütününü daha anlaşılır hâle getirir.